'헬보이'는 자신이 소속된 B.P.R.D의 임무로 영국의 한 비밀 단체의 괴수 사냥을 도우러 갔지만 되려 공격을 당하고, 곧 영국에서 어마어마한 일이 벌어지고 있다는 것을 알게 된다. 서기 566년, 아서왕에게 패하고 몸이 7조각으로 나뉘어 봉인된 '블러드 퀸'을 다시 부활시켜 인류를 파멸시키려는 초자연적 빌런들에 의해 영국은 물론 전 세계가 위험에 빠지게 된다. 헬보이는 이들에 맞서 인류를 위험으로부터 구해야만 하는데…
* B.P.R.D(Bureau of Paranormal Research & Defence): 초자연 현상 연구 방위국