우주전함 야마토가 회유행성 아쿠에리어스의 물기둥에 자폭하여 침몰한지 17년이 흐른 2220년. 이동형 블랙홀, 통칭 '캐스케이드 블랙홀'이 태양계에 접근하고 있음이 밝혀진다. 인류는 2만7천 광년 떨어진 사이럼 항성계의 행성 아말의 달로 이민을 계획, 이민선단을 2차까지 출발시켰지만 정체불명의 적에게 공격당해 모두 소멸되고 말았다. 1차 이민선단의 책임자 고다이 유키의 남편 고다이 스스무는 아쿠에리어스에서 수복해 3차 이민선단의 호위전함이 된 야마토에 다시 탑승, 야마토의 함장이자 3차 이민선단의 선단장으로 위임받아 아말로의 출진에 오른다.
