닌자 거북이 2 : 어메이징 닌자

에이프릴의 방송을 보던 중, 거북이들은 자신들이 태어나게 된 원인에 대해서 알 수 있는 단서를 얻는다. 그리고 거북이들은 사부인 스플린터의 말에 따라 그것의 원인이 되었던 TGRI를 찾아가 그 물질을 손에 넣으려 하지만 실패하고, 자신들의 근원에 대해 알 수 있는 것을 놓쳐 낙심하게 된다. 그러던 중 피자배달부인 케노 덕분에 더 풋의 본거지를 알게 되고 그곳을 찾아가는 데, 그곳에서 생각지도 못한 인물을 만나게 되는데...