수 세기 전 일본 쇼군 오다 노부나가는 주비추라 불리는 신비의 돌을 손에 넣고 그 마력을 맛본 뒤 권력욕에 사로잡힌다. 그 후 주비추는 어느 순간 사라졌고 시점은 현재로 돌아온다. 미국 샌프란시스코에서 원인 모를 대폭발이 발생해 FBI는 특별수사를 펼친다. FBI 현장요원인 콜은 정보원 카나를 통해 대폭팔과 주비추와 관련이 있다는 사실을 알게 된다. 한편 암흑세계의 제왕이라 불리는 베어드와 여사제 유카이는 주비추를 손에 넣어 세계를 장악할 음모를 꾸민다. 콜을 선두로 FBI 현장요원 맥과 베스크는 의기투합하여 악의 세력에서 주비추를 구하기 위해 작전을 펼친다.