대빙원에 있던 과학자 론도 박사와 그의 아들 하늘. 그곳에 돌연 폭음과 함께 운석이 떨어진다. 주위를 감싸는 수증기. 그 안에서는 환상의 포켓몬 테오키스가 나타난다. 그곳에 천공포켓몬 레쿠쟈가 모습을 드러내며 격렬한 싸움이 시작된다.
그로부터 4년 후, 랄스시티에 도착한 지우 일행은 배틀타워에서 포켓몬 시합을 통해 이 마을에 사는 소년 하늘이와 만난다. 하늘이는 서서히 지우 일행에게 마음을 열고 포켓몬들과도 사이가 좋아지고 있었다. 그러던 중, 돌연 테오키스가 랄스시티에 나타난다. 테오키스의 목적은? 드디어 마을의 모든 기능이 정지되고 지우 일행은 마을에서 벗어나지 못하게 된다.
