인간과의 관계가 더욱 더 나빠진 돌연변이들이 마침내 가공할만한 초능력의 힘으로 엄청난 공격을 하게 된다. 이 시기, 스트라이커 장군이 이끄는 안티 돌연변이 활동의 규모가 더욱 커지게 되고 이들은 사비에 박사의 저택을 공격한다. 이제 엑스맨은 사비에 박사는 물론, 돌연변이의 생존을 지켜야 하는 막중한 임무를 띄고 마침내 인간과의 전면전이 시작되는데…