과거에 멸망한 뮤타 왕국의 사원을 방문한 네명의 닌자거북이들은 뮤타 스톤에 갇혀있는 빛의 정령 크리스 뮤를 꺼내준다. 크리스 뮤는 보답으로 거북이들에게 더욱 강력한 슈퍼 뮤테이션 능력을 부여한다. 슈퍼 뮤테이션 파워를 사용하면 거북이들은 3분간 강력한 슈퍼 터틀로 변신이 가능하며, 네 거북이가 합체하면 터틀 세인트라는 강력한 모습이 나타나게 되었다. 한편, 크랭과 슈래더 역시 다크 뮤타 스톤을 찾아내고 그곳에서 사악한 정령 다크 뮤를 부활시킨다.