텔레비전에서는 사고가 난 배에서 흘러나온 원유 때문에 고통을 겪던 새들이 갑자기 사라지는 현상이 나타났다고 한다. 이를 보던 진구와 친구들은 외계인의 짓일지도 모른다는 얘기 중 조류인간에 대한 이야기가 나온다. 조류인간에 대한 전설을 듣던 진구는 자신도 날아보고 싶다는 열망에 비행기를 만들지만 결국 실패하고 만다.
그러던 중 갑자기 하늘에서 튀어나온 이상한 생물체. 진구와 도라에몽은 급히 뛰어가고 조류인간과 같은 생물체를 목격하게 된다. 그는 자신을 ‘구구’라고 하며 조류인간이라고 한다. 진구와 도라에몽은 그를 도와 주고 구구가 자신의 세계로 가게 되면서 얼떨결에 빨려 들어가게 된다.
진구와 친구들이 도착한 세계는 ‘버드피아’. 이곳은 조류인간들이 사는데 그들은 인간들에 대해 적개심을 가지고 있다. 그리고 우연히 다시 만난 구구와 그리고 고고학 박사인 호우박사는 지그리드라는 장관이 인간들을 싫어하며 나쁜 계획을 가지고 있다고 알려준다. 또한 그 곳에서 내려오는 전설의 나무와 그에 관한 얘기가 새겨진 석비에 대한 것도 알게 되는데....
