1938년 3월, 샌프란시스코만의 검푸른 심연에 뿌리를 박은채 우뚝 솟은 한 이름없는 바위섬, 바로 그 곳에 '앨카트래스'란 이름의 감옥이 위치한다. 나체의 한 남자가 5피트 깊이의 지하 감방에 던져진다. 육중한 철제문이 금속성을 울리며 닫혀지면, 한평반 남짓한 독방은 칠흙같은 어둠 속에 잠긴다. 이 남자의 이름은 헨리 영(Henri Young: 케빈 베이컨 분). 그는 동생을 위해 단돈 5달러를 훔친 죄명으로 이 지하 감방에서 3년 동안 인간 이하의 삶을 살게 된다. 1941년 6월, 마침내 그는 앨카트래스의 지하 감방에서 벗어나나 몇시간 후, 햇빛 가득한 교도소 식당에서 그는, 자신을 그런 고통 속에 몰아넣은 장본인이라고 생각되는 한 사나이를 만나게 된다. 그리고 200명의 목격자들이 보는 앞에서 그 자를 살해한다. 이 단순한 보복 행위로 인해, 헨리 영은 일급살인죄로 기소된다. 그의 변호를 맡은 24세의 젊은 관선 변호사 제임스 스탬필(James Stamphill: 크리스찬 슬레이터 분). 제임스는 헨리 영이 지난 3년 동안 지하 독방에서 비인간적이며 짐승과 같은 생활을 한 것에 대해 참을 수 없는 분노를 느낀다. 서서히 제임스 스탬필에게 신뢰를 갖게 되는 헨리 영. 제임스는 이 사건을 조사하면서 헨리를 지하 감방에 가두게 한 진짜 장본인은 교도소 부소장 글렌(Warden Glenn: 게리 올드먼 분)이라는 것을 알게 된다. 그리고, 그 뒤에는 앨카트래스와 연방정부라는 거대한 권력이 도사리고 있었다. 한편, 제임스의 애인이며 여성 변호사인 매리(Mary McCasslin: 엠베스 데이비츠 분)는 법조인으로 전도 유망한 제임스의 장래가 걱정이 되어 그를 이 사건에서 보호하려고 애를 쓰다. 재판은 크로슨 판사(Clawson: R. 리 에어미 분)가 맡게 되고, 제임스는 형 바이론(Byron Stamphill: 브래드 듀리프 분)의 반대가 심해지는데.
