마법 세계의 운명을 건 전쟁이 시작된다.
‘뉴트 스캐맨더’(에디 레드메인)의 활약으로 강력한 어둠의 마법사 ‘겔러트 그린델왈드’(조니 뎁)가 미합중국 마법의회 MACUSA에 붙잡히지만, 이내 그가 장담했던 대로 탈출해 추종자를 모으기 시작한다. 순혈 마법사의 세력을 모아 마법을 사용하지 않는 사람들을 지배하려는 그린델왈드의 야욕을 막기 위해 ‘알버스 덤블도어’(주드 로)는 제자였던 뉴트에게 도움을 요청한다. 마법사 사회는 점점 더 분열되어 가운데, 앞날의 위험을 알지 못한 채 이를 승낙한 뉴트는 진정한 친구와 가족 사이의 사랑과 의리가 시험대에 오르게 되는데….