서기 2059년. 선함 아일랜드1을 중심으로 편성된 제25차 신 마크로스급 이민선단 '마크로스 프론티어'가 1000만명의 인구를 이끌고 은하 중심부로 항해내가가고 있었다. 어느날, 근처를 지나는 제21차 마크로스급 이민선단 '마크로스 갤럭시'와 마주치게 되고 그곳에서 탑 싱어인 셰릴 놈이 콘서트를 위해 프론티어로 넘어오게 된다. 미호시 학원의 항공우주과에 재학중인 사오토메 알토는 콘서트 연출을 위한 에어쇼 파일럿으로 참가하게 된다. 콘서트의 열기가 한창 무르익을 무렵, 거대 이생명체인 '바쥬라'가 프론티어를 습격하는 사태가 발생, 습격에 의해 사망한 파일럿 대신 VF-25에 탑승한 알토는 란카 리 라는 이름의 소녀와 만나게 된다.
