C.E. 73년. 유니우스 세븐의 지구강하 작전을 시도한 자프트군 탈추병부대는 전란 중 자프트군 미네르바와 줄 부대의 활약에 의해 격파되고, 지구를 향하던 유니우스 세븐도 설치된 메테오 브레이커에 의해 파괴되었다. 하지만 격파된 파편은 지구를 향해 계속 낙하하게 되고, 그 낙하물로 인해 수많은 사람들이 중상을 입거나 사망하는 등 엄청난 피해를 입히게 되었다. 지구가 또다시 혼돈에 빠져있는 와중, D.S.S.D. 기술개발 센터는 1대의 MS를 우주에 쏘아올리는 프로젝트 '스타 게이저 계획'의 준비를 하고 있었다. 우주에서 태어나, 우주에서 자라, 인류가 우주를 향할것을 굳게 믿는 코디네이터 셀레나 맥그리프. 그리고 어린시절의 사건에 의해 코디네이터를 증오하게 된 지구연합의 파일럿 스웬 칼 바얀. 두 사람은 서로에 대한 이해의 여유도 없이 또다른 전장에서 마주한다.
