1945년 봄, 제 504 통합 전투 항공단에 의해 인간형 네우로이와의 커뮤니케이션을 실험하고 있는 베네시아 상공에서 갑자기 거대한 네우로의 둥지가 나타난다. 한편, 제501 통합 전투 항공단의 해산과 함께 제대해 중학교를 졸업하고 진료소를 이어나갈 계획을 세운 요시카는 죽은 아버지에게서 온 편지를 받게된다. 편지에 관해 묻기위해 미오를 찾은 요시카는 네우로이의 재침공 사실을 듣고 다시 싸울 의사를 밝히지만 미오로부터 '너는 더 이상 군인이 아니다'라는 대답을 들을 뿐이다. 요시카는 미오를 설득하기 위해 다시 스트라이커 유닛을 장착하고 미오의 뒤를 쫓는다.
