2119년, 우주생명 조사선 그린 슬리브스호가 부유행성 X-23과 만나게된다. X-23이 거쳐온 다른 행성에서 고도의 문명이 파괴된 흔적이 발견되자, 세계연맹은 그린 슬리브스호에 X-23 파괴명령을 내린다. 하지만 그린 슬리브스호의 함장 스기타 이사오 박사는 명령을 거부하고 그로부터 통신은 단절되고 만다. 2년 후, 일본의 과학 학원도시 나기사 시티에 살고 있는 스기타 박사의 장남 스기타 스스무는 느닷없이 종합 건강 과학 연구소 피닉스 타워로 끌려가 특수 의료부다 '화이트 페가서스'의 입대를 권유받는다. 현재 나기사 시티에서는 원인 불명의 증상으로 쓰러지는 사람들이 속출하고 있기에, 이 증상을 알아내기 위해 특수 체내 돌입함 '원디 비트'를 마이크로화 시켜 환부에 주입해 치료하고 있었던 것이다. 그리고 그들의 체내에서는 정체 불명의 외계인이 인체에 침입한 흔적들이 발견되고, 화이트 페가서스는 의료의 목적을 넘어서 외계인류와의 대립을 준비하게 된다.
