세계를 관리하는“프랙탈 이론 시스템”이 완성되어 인류는 사상최초로 일하지 않아도 살아갈 수 있는 압도적인 낙원에 발을 디뎠다. 그리고 천년, 시스템은 계속 살아 남아 가동되고 있었지만 어느 누구 그 시스템을 해석할 수 없었다. 많은 사람들은 그 유지가 인류 행복의 조건이라고 믿어 의심하지 않았었다. 이야기는 그런「프랙탈 이론」이 붕괴하기 시작한 어느 대륙의 한 섬에서 시작된다. 만연히 하루하루를 사는 소년 크레인은 어느날 누군가에게 쫓겨 벼랑아래에 떨어진 소녀 프류네를 돕는다. 소녀와의 만남에 설레는 크레인. 하지만 프류네는 브로치만을 남기고 크레인의 앞에서 사라져 버린다. 브로치에 남겨진 데이터에는 소녀의 모습을 한 아바타(Avatar) 넷사가 갇혀 있었다. 넷사와 함께 프류네를 찾아 여행에 나서는 크레인.거기서 그는“시스템”의 비밀을 알게 된다.