5년 전 있었던 공룡제국의 침공은 겟타 로보의 활약과 무사시의 희생으로 종결되었다. 큰 타격을 입은 공룡제국은 마그마층으로 후퇴하였다. 하지만 겟타로보의 자폭으로 뉴욕은 소멸, 이 위력에 공포감을 느낀 국제사회는 겟타선을 연구하는 사오토메 연구소를 동결시켜버리고 만다. 한편 겟타로보의 파일럿이었던 진 하야토는 공룡제국이 언젠가 부활할것을 예견하고 방위조직 '네서'에 참가해 겟타선을 사용하지 않는 '네오 겟타로보'를 개발한다. 네오 겟타로보의 성능때문에 파일럿이 견디지 못하는 일이 빈번히 일어나 세번째 파일럿을 구하지 못하던 하야토는 뒷세계 프로레슬러인 이치몬지 고에게 접근한다. 하지만 이 낌새를 눈치 챈 공룡제국도 고를 죽이기 위해 암살자를 보내는데...