나뭇잎 마을의 수장 ‘호카게’를 꿈꾸는 소년 닌자 나루토의 이야기. 닌자들의 싸움이 계속되는 와중에 아카츠키의 음모가 끝에 다다르면서 나뭇잎 마을은 최악의 위기를 맞는다.