아주 어릴때 어머니를 여읜 소녀 나나미. 나나미는 해양 생물학자인 아버지 스콧과 친구 알폰조와 함께 해양조사선 '페페론치노호'를 타고 범고래 티코와 함께 세계 각지를 여행하며 살고있었다. 이들의 목적은 전설의 생물 '빛나는 고래'를 찾는 것이지만 단서가 쉽게 잡히지 않고 있었다. 나나미 일행은 모험을 좋아하는 아가씨 대학생 셰릴과 셰릴의 집사 제임스, 그리고 스콧의 대학선배의 아들인 토마스를 동료로 받아들여 빛나는 고래를 찾는 모험에 박차를 가한다. 하지만 트론치움을 찾아다니는 조직 'GMC'가 빛나는 고래로부터 트론치움 반응이 나온다는 정보를 입수, GMC도 빛나는 고래를 찾는데 열을 올린다.
