거북이 특공대 Z

어느날 우연히 떨어진 액체에 돌연변이가 된 4마리의 거북이들. 마음씨 좋은 들쥐 스플린턴으로 부터 4마리의 거북이는 고대로부터 내려온 무술들, 순간이동, 전투기술 등을 배운다. 스플린터의 지도를 받아 강력한 특공대로 성장하게 된다. 하지만 도시의 어딘가에서는 또 다른 닌자들이 은밀히 길러지고 있었으니 바로 사악한 닌자들이였다. 어둠 속에 가려진 배후의 존재는 누구이며 거북이 특공대 Z에게는 과연 무슨 일이 닥칠 것인가?