풀 메탈 패닉!

사가라 소스케는 과거 용병 출신으로 현재는 미스릴이라는 모종의 군사조직에 소속되어 있다. 그런 그에게 고등학교에 위장 전입 하여 치도리 카나메라는 여학생의 보디가드를 맡으라는 임무가 떨어진다. 대 테러 조직인 미스릴에서 왜 난데없이 일개 여학생의 보디가드 일을 하는지 의아해 하는 소스케. 하지만 학교라는 평범한 공간이 오히려 더욱 어색하기만 한 소스케가 터뜨리는 대형 사고들(?)과 함께 이들의 생활은 시작되는데…..