일본의 남쪽에 위치한 녹음이 우거진 섬 남십자도. 어느날 밤 섬의 해안에 츠나시 타쿠토라는 이름의 소년이 도착한다. 본섬에서부터 홀로 헤엄쳐 왔다고 말하는 타쿠토는 섬에 있는 남십자 학원 고등부에 입학하여, 특유의 밝고 긍정적인 성격으로 금세 친구들의 마음을 사로잡는다.
그러나 이 남십자 학원에는 커다란 비밀이 숨겨져 있었다. 그것은 바로 지하에 잠들어 있는 거대한 2족보행 병기의 모습을 한 '사이바디'라 불리는 정체를 알 수 없는 구조물이었다. 약 20개 정도가 존재하는 이 거대한 상의 비밀에 더해 타쿠토 주위의 사람들 역시 저마다 비밀을 간직하고 있었다. '기라성 십자단'이라 자처하는 수수께끼의 비밀결사, 섬을 지킨다는 '4방의 무녀', 그리고 타쿠토의 존재까지 더해져, 일견 평화로워 보였던 남국의 섬은 어느샌가 격렬한 변화의 흐름 속으로 빠져드는데...
