무술 수련을 위한 수행을 떠난 카자마 고우는 형 마사토가 행방불명되었다는 소식에 일본으로 귀국하게 된다. 고우를 라이벌로 여기던 타키는 마사토에 대한 정보가 있다고 고우를 불러내지만 이는 범죄조직 크라운의 음모였다. 전세계의 격투가를 모아 개조인간 '가이보그'로 개조하고 때로는 미지의 생명체 '파라'를 기생시켜 신인류 뮤티안으로 만드는 크라운은 궁극의 전사를 만들어내는 목적을 지닌 악의 조직이었던 것이다. 결국 크라운에 의해 가이보그로 개조된 고우와 타키. 하지만 고우는 크라운의 행동에 반감을 품은 과학자 시로이시 박사의 도움으로 크라운으로 부터 탈출할 수 있게 되었다. 시로이시 박사는 고우에게 크라운과 싸워달라는 부탁을 받지만 거절한다. 그때 두 사람을 쫓아온 가이보그 '잭스' 타키가 공격해오고 시로이시 박사는 단신으로 잭스에게 맞선다. 그 모습을 본 고우는 강함을 증명하기 위함이 아닌, 누군가를 지키기 위한 싸움의 의미를 깨닫고 시로이시 박사를 지키기 위해 잭스와 대결하게 된다. 이미 가이보그의 힘을 완벽하게 각성한 잭스에게 고전하던 고우. 위기의 순간, 고우의 가이보그 신체와 뮤티안의 진화가 복합적으로 발현하여 궁극의 전사 '가이퍼드'가 탄생한다.