신학기. 미스미 나기사와 유키시로 호노카는 드디어 베로네 여자 중학교의 상급생이 되었다. 멧플, 밋플, 포룬은 잠에 들어서 둘은 보통의 여자 아이들처럼 동아리 활동이나 학과 공부에 바쁜 학교생활을 보내고 있는데…한편 빛의 정원에서는 잭킹과의 전투로 상처 입은 여왕이 분열을 일으켜 어딘가로 사라지고 만다. 같은 시기에 격퇴된 줄로 알았던 어둠의 힘이 나기사와 호노카를 공격하는데…버전 업그레이드된 코뮨에 하트의 카드를 합체시키며 둘은 다시 프리큐어로 변신! 기억을 잃고 형태를 잃어버린 여왕을 원래대로 되돌려 놓기 위해 둘은 다시 활약을 시작한다. 과연 두 소녀는 여왕을 원래의 모습으로 되돌려 놓을 수 있을까?
