1년 전쟁 말기, 신형 건담의 탈취를 위해 뒤를 쫓던 지온공국의 특수부대 '사이클롭스대'는 남극기지에서 출발한 신형 건담이 중립 콜로니 사이드6 '리보'로 옮겨졌다는 정보를 입수하고 리보에 잠입한다. 한편 리보에 살고 있는 모빌슈츠를 아주 좋아하는 소년 알프레드 이즈루하(알)은 아버지를 면회하기 위해 우주항으로 갔다가 옆집 누나인 크리스티나 맥켄지(크리스)와 재회한다. 신형 건담 NT-1의 테스트 파일럿은 크리스는 NT-1의 테스트를 위해 함께 리보로 돌아온 것. 그러던 어느날, 지온의 MS 자쿠가 숲에 버려졌다는 소문에 몰래 구경을 갔던 알은 사이클롭스대의 신입 파일럿 버나드 와이즈먼(버니)과 만나게 되고, 둘은 자쿠에 대한 비밀을 공유하기로 한다. 하지만 크리스는 알을 만나러 온 버니를 도둑으로 오인해 때려눕히고, 처음 만나게 된 크리스와 버니는 서로의 정체도 모른채 약간의 호감을 품는다.
