인류가 우주에 진출하기 시작한 근미래. 우주 진출의 시발점으로 선정된 화성 개척이 한창이던 때, 화성의 하란 겐조 박사는 우주진출용으로 사이보그 인간을 만들어낸다. 하지만 하란 박사에 의해 개조된 사이보그들은 자신들이 지구인류보다 우월하다 선언하고, 스스로를 '메가노이드'라 부르기 시작한다. 이 사태로 인해 하란 박사는 목숨을 잃고 하란 박사의 아내와 장남은 차남인 '하란 반죠'만을 살려 거대로봇 '다이탄 3'와 함께 지구로 보낸다. 지구에 도착한 반죠는 다이탄에 실려있던 대량의 금괴를 이용해, 지구에서 암약하기 시작한 메가노이드들과의 전면전을 시작한다.
