풀 메탈 패닉? 후못후

매일 같이 싸움이 지속되는 전쟁터에서 거의 살다시피 한 비밀군사조직 'SRT'의 요원 주인공 '소스케'는 위스퍼드 후보자인 '치도리'를 지키라는 명령을 받아 일본으로 돌아오게 된다. 어릴 때부터 전쟁터에 산 탓에 일반적인 생활 등을 겪어 보지 못한 소스케는 특수 임무인 '치도리'를 지키기 위해 그녀가 다니는 '진다이 고등학교'에 진학한다. 하지만 매사가 공격적인 성격 탓에 항상 사고만 치며, 좀처럼 학교 생활에 적응을 못하는데..