21세기초 동경. 어머니와 단 둘이 생활하는 학생 "카미나 아야토"는 모의 시험장으로 향하는 도중에 갑자기 상공에 나타난 수수께끼의 항공부대의 공격을 받게 된다. 파괴된 걸는 "아야토" 자신이 예전에 그린 그림과 닮아 있으며 그 풍경 속에서 불가사의한 소녀 "레이카"를 만난다. "레이카"에게 이끌리듯이 그는 지하철을 타고 어떤 신전에 도착하게 된다. 그곳에서 거대한 알로부터 인간형 초병기 "라제폰"이 출연하는 순간을 목격하게 된다. "레이카"에 이끌려 "라제폰"의 안으로 들어간 "아야토", "라제폰"을 타고 우주에서 지구를 바라보는데 동경은 수수께끼의 대륙 "MU" 에 점거되어 있으며, "MU" 가 만든 이상한 막 속에 폐쇄되어 사람들은 거짓의 생활을 하게 하고 있었다.
