여름 휴가의 나날. 톰과 그의 가족은 부모님들이 새로운 동물을 데리러 아프리카 탐사를 떠나 혼자 남겨진 릴리와 함께 릴리의 작은 시골 동물원에서 함께 머문다. 어느 날 착한 개구리 한 무리는 톰과 릴리에게 곧 홍수가 있을 예정이며, 아이들을 포함해서 공기를 마시고 사는 생물 대부분은 살아남지 못하리라는 것이라는 놀라운 소식을 전해준다. 폭우가 내리는 지구, 개구리 들이 위험을 감지하고 인류에게 경고헀지만 사람들은 코웃음만 칠뿐이다. 마침내 대부분의 육지가 침몰 위기에 빠질 때 두 명의 어른과 두 명의 아이가 가까스로 방주에 올라탄다. 이들은 40일 동안의 폭우 속에서 방주에 몸을 맡긴 채 정처 없는 여행을 떠나는데...