우주전함 야마토 2199 - 별을 도는 방주

서기 2199년, 인류를 구원하기 위해 야마토가 떠난지 7개월이 지났다. 야마토는 이스칸달에 도착해, 지구 재상을 위한 코스모 리버스 시스템을 손에 넣고 가미라스와의 평화조약도 채결하는데 성공하였다. 한편, 정쟁에서 패배해 우주를 유랑하고 있던 가미라스의 반데벨 함대가 그들을 야만족이라 부르며 멸시하던 적국 가틀란티스의 함대와 조우하여 처참하게 파괴되어버린다. 대마젤란을 빠져나온 야마토 또한 가틀란티스의 함대와 조우하고, 가틀란티스의 구타바 원정군 대도독 '뇌명의 골란 다감'은 야마토의 수하물을 전부 내려놓길 요구한다. 코스모 리버서 시스템을 빼앗길 수 없는 야마토는 요구를 거절하고 도주하지만 워프 항법 중 문제가 생겨 이공간을 헤메이게 된다. 그때, 누군가의 의지에 의해 제어권을 빼앗긴 야마토는 정체모를 행성으로 유도되는데...