모험심 많은 12살 소년 ‘나노’는 할아버지가 악당 교수인 ‘슐로터’에게 속아 ‘고봇’이라는 수상한 약물을 투여받고 그에게 조종당하는 사실을 알게 된다. ‘나노’는 ‘닥터 X’를 찾아가 도움을 청하고, ‘닥터 X’는 몸이 작아지는 기술을 통해 ‘나노’와 그의 여자친구 ‘릴리’가 할아버지 몸속으로 들어가게 도와준다. 할아버지의 몸속을 탐험하며 악당 바이러스 ‘고봇’을 퇴치하는 ‘나노’! 과연, 우리의 몸속에선 어떤 일들이 벌어지고 있을까? ‘나노’의 몸속 대탐험이 시작된다!