이제는 낡은 엔터프라이즈는 훈련생도들의 연습용 전함이 되었고, 스포크는 엔터프라이즈에서 함장이 되었다. 제독이 된 커크는 배를 떠나 나이를 먹어가는 일이 아쉽기만 하다.그러던 중 인공적으로 거주할수 있는 행성을 만드는 제네시스 계획을 위해 실험대상 행성들을 탐사하던 NCC-1864 USS 릴라이언트의 선장과 1등항해사인 체코프가 세티 알파5 행성에서 “칸”에게 납치된다. 칸은 커크에게 복수를 하기 위해 제네시스 계획을 방해하고, 제네시스 계획을 연구하던 커크의 옛 애인 캐롤박사가 커크에게 도움을 요청한다. 칸은 릴라이언트를 조종해 이를 조사하기 위해 온 엔터프라이즈를 공격해 치명상을 입힌다. 커크는 기지를 발휘해 릴라이언트의 보호막을 해제하여 위험에서 벗어난다.파손된 엔터프라이즈가 제네시스 계획을 연구하던 레귤라1호 정거장에 겨우 도착했으나 레귤러1호 내의 연구원들은 칸에게 죽음을 당한 뒤였다. 아직 켜져 있는 전송장치를 통해 레귤러 행성의 지하로 들어간 커크일행은 캐롤 박사와 그녀의 아들인 데비비드 박사, 그리고 제네시스 장비들을 발견한다. 그러나 세뇌된 릴라이언트의 선장과 체코프에 의해 제네시스가 탈취당한다. 그리고 릴라이언트의 선장은 커크를 죽이라는 칸의 명령에 불복해 자살하고, 체코프는 기절한다.칸은 커크를 지하에 가뒀다고 생각하고 행성을 떠나지만, 엔터프라이즈가 고장나서 떠났다는 것은 커크의 속임수였다. 캐롤과 데이비드를 구해서 엔터프라이즈에 복귀한 커크는 뮤타라 성운으로 칸을 유인해서 결전을 벌인다. 커크의 작전에 말려들어 패배한 칸은 최후의 힘으로 폭탄으로 개조한 제네시스를 폭발시키려 하고, 원자로가 파손된 엔터프라이즈는 충분한 거리를 둘수가 없어 위기에 처한다. 이때 방사선에도 불구하고 원자로로 들어간 스포크에 의해 응급조치가 이루어지고 엔터프라이즈는 워프로 폭발로부터 아슬아슬하게 피할 수 있게 된다. 방사선 피폭으로 죽어가는 스포크는 커크에게 언제나 앞으로도 친구라는 말을 남긴다.
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