불가사의하고 엉뚱한 일을 벌이는 게 주요 활동인 스즈미야 하루히와 SOS단. 크리스마스를 일주일 앞둔 어느 아침, 단원 쿈은 스즈미야 하루히가 갑자기 세상에서 사라졌다는 사실을 깨닫는다.
