전사 류캉(Kung Lao: 파올로 몬탈반 분)과 그의 동료 타야(Taja: 크리스타나 로켄 분)와 시로(Siro: 다니엘 번하트 분), 인류의 생존은 이들 전사들의 모탈 컴뱃에서의 승부에 달려 있다. 아웃월드에서 온 전사들은 마법과 악마적인 힘을 갖춘 반면, 류캉을 위시한 지구 전사들은 그들의 정신과 육체적인 힘과 투쟁이 옳고 정당하다는 신념을 가지고 있다. 류캉과 타야 그리고 시로, 이들 세 명의 전사는 빛의 사원 승려의 제자들로 모탈컴뱃을 위해 그들의 목숨을 받쳐 수련해온 파이터들이다. 전사는 그들의 운명이자 임무이다. 타야는 도적출신으로 류캉에 의해 목숨을 건지며 전사가 되었고, 시로는 샤오칸 일당으로부터 살해당한 사람의 보디가드 출신이다. 이들은 지구의 평화를 위해 힘을 합치고, 샤오칸 일당과 정면대결을 펼친다. 모탈 컴뱃에 계속되는 결투 끝에 타야가 인질로 잡히게 된다. 타야의 인질로 결투는 점점 더 어려움에 쳐하고 신성한 규칙은 깨지고 만다. 목숨을 건 사투, 타야를 구출하는데 성공한 류캉과 시료는 마지막 힘을 합쳐 타고난 무예 실력으로 위기를 극복하고 결국은 샤오칸은 무릎을 꿇고 만다.
'모탈컴뱃 4(The Essence)'. 쿵 라오는 아웃월드 샤오 칸의 지배에서 벗어나려는 이데니아의 '엣센스'를 보호할 임무를 부여 받는다. 이데니아인들은 샤오 칸이 침입한 후 삶의 원천인 엣센스를 모두 파괴했다고 생각해서 자신들의 영토를 떠났다. 이데니아의 공주이자 타의에 의해 샤오 칸의 양녀가 된 키타나는 이데니아의 엣센스가 전사 다란이 지배하고 있는 지구 영토로 유입되었다는 얘기를 듣고는 이데니아인들에게 다시 번성할 수 있다는 희망을 주기 위해 친구인 칼리와 함께 엣센스를 찾아 떠나기로 한다. 엣센스를 갖는 것은 샤오 칸에 정면으로 맞서는 것이기 때문에 두 사람은 목숨을 걸고 비밀스럽게 임무를 진행한다. 한편 생쌍도 샤오 칸의 신임을 얻기 위해 보팍스에게 키타나의 뒤를 쫓도록 한다. 우여곡절 끝에 만난 다란은 키타나에게 엣센스가 숨겨진 위치를 알려주고 쿵 라오만이 엣센스를 안전하게 보호할 수 있을 것이라고 말한다. 키타나는 쿵 라오를 찾아가 사정을 얘기하고 함께 가 줄 것을 부탁한다. 엣센스를 찾아가던 두 사람은 잔인하게 공격을 받고 죽어가는 병사를 만난다. 그 병사는 죽어가면서 키타나가 샤오 칸의 양녀라고 중얼거린다. 키타나가 샤오 칸의 첩자라고 생각한 쿵 라오는 키타나를 공격하고 격렬한 대결을 펼친다. 하지만 키타나가 자신의 종족을 구하기 위해서 엣센스를 얻으려 한다는 사실을 확인한 쿵 라오는 그녀와 동행을 계속해서 사원에 숨겨진 엣센스를 손에 넣는다. 그 순간 생쌍이 키타나를 배신한 칼리, 보팍스와 함께 나타나서 엣센스가 든 주머니를 빼앗아 아웃월드로 돌아간다. 키타나는 생쌍이 엣센스를 가지고 도망친 것을 알고는 낙담하지만 생쌍이 가지고 간 것은 쿵 라오가 미끼로 만들어 놓은 가짜 엣센스였다. 쿵 라오는 숨겨둔 진짜 엣센스를 키타나에게 전해준다. 키타나가 떠나고 얼마 후 주진에 칼리가 카니발 행렬을 끌고 나타난다. 칼리는 일대일로 맞붙어 싸우는 야만적인 살인경기를 진행하면서 돈을 끌어 모은다. 쿵 라오의 여자친구 로리마저 이 싸움에 참여하려고 하자 쿵 라오가 나서 칼리에게 마을을 떠나도록 한다. 이에 칼리는 쿵 라오가 싸움에서 승리하면 그의 부탁을 들어주겠다고 한다. 결국 쿵 라오는 거구의 레슬러와 치열한 싸움을 벌인 끝에 그를 물리친다. 이제 칼리는 떠나고 주진은 평화를 되찾는다.
목숨을 건 혈투 의 승리자 캉 라오와 그를 돕는 평화의 전사 시로, 아름다운 여도적 타자. 이들은 함께 샹성의 침입에 대비하기 위해 무술연마의 고삐를 늦추지 않는다. 한편 지구의 지배권을 놓고 벌인 세기의 대결에서 패한 아웃월드의 지옥전사 샹성은 여전히 그 야욕을 버리지 못하고 호시탐탐 기회를 노리다 마침내 이들을 물리치기 위해 마시면 급격히 늙어간다. 친구들이 자신 때문에 죽을 위험에 처하자 캉 라오는 그들을 살릴 해독제를 갖고있는 오미지스를 찾아가서 가까스로 해독제를 구하지만 타자와 시로는 샹성의 포로가 되어있다. 샹성은 지난 번의 패배를 설욕하기 위해 친구들을 풀어주는 대신 결투를 청하고, 모탈 컴뱃외에는 싸우는 것이 금지되어 있는 캉 라오는 친구들의 목숨을 위해 그 율법을 어긴다. 바람을 가르고, 땅을 울리는 격렬한 격투 끝에 샹성을 물리친 컁 라오는 자신에게 너무나 소중한 친구들인 타자와 시로에게 해독제를 먹여 목숨을 살리는데 성공한다. 하지만 그들을 통제하는 선의 신 라이덴은 결코 모탈 컴뱃 외에는 싸울 수 없는 캉 랴오를 크게 꾸짖고 그가 어긴 율법이 얼마나 큰 잘못인지, 그리고 그에게 보다 큰 인류애를 볼 수 있는 눈을 키울 것을 요구한다. 캉 라오는 친구를 살리는 것도 인류애라고 하소연해보지만, 작은 희생으로 지구 전체를 잃어버릴 위험이 있다는 라이덴의 말에 크게 괴로워한다.
'2020 파이터' 지구를 침략하려는 샤오칸 일당. 그리고 그들에 맞서 지구를 지키는 전사 쿵라오, 시로와 타자, 여기에 자신의 종족을 위해 지구를 지배하려는 새로운 세력 크리야 일당이 가세한다. 샤오칸의 오른팔 샹성은 그의 본거지로 침입한 의문의 여인들과 결투 끝에 납치된다. 이들은 크리야라는 여왕이 이끄는 여성 전사집단이다. 이들은 무한한 힘의 원천인 우주의 목걸이를 통해 남자를 농가하는 초인적인 파워를 갖게 된다. 이들은 샹성의 납치를 신호로 샤오칸 일당에게 선전포고를 한다.
'화이널 배틀'. 전사 캉 라오아 그의 도료 시로, 타자, 이 세 명의 전사는 빛의 사원 승려의 제자로 모탈 컴뱃을 위해 그들의 목숨을 바쳐 수련해온 파이터들. 이들에게 인류 생존의 미래가 달려있다. 아웃월드에서 온 전사들은 마법과 악마적인 힘을 갖춘 반면 라오 캉과 지구의 전사들은 그들의 정신과 육체가 결합한 정의의 힘으로 반격한다.