노크밀성에 사는 악의 여왕 바브몰다는 자신을 파멸시킬 특별한 아기가 태어나리라는 예언을 듣게되자, 태어나는 아기를 없애라는 명령을 내린다. 그러자 한 산모가 예언의 아기 엘로라를 강물로 떠내려보내고, 아기가 없어진 사실을 알게된 바브몰다는 딸 소샤와 카엘 장군에게 아기를 잡아오라고 명령한다.
한편, 난쟁이들이 모여 사는 평화로운 네르윈 마을의 마법사 윌로우는 우연히 마을에서 예언의 아기를 발견한다. 처음에는 매드마티칸의 꼬임에 아기를 넘겨주지만, 요정의 여왕 첼린드리아가 예언된 아기 엘로라를 자신에게 맡기려는 것임을 깨닫고, 아기를 지키기 위해 엘로라를 데리고 아스린으로 향하는 먼 여정을 시작한다.
윌로우는 수수께끼의 인물 매드마티칸을 다시 만나 아스린에 가지만 레지엘은 이미 마법에 걸려 있고 윌로우 일행은 소야와 카엘에게 잡힌다. 간신히 탈출을 하지만, 아기를 잃게 된 윌로우는 레지엘의 마술을 풀어준 뒤 노크밀 성으로 향한다. 결전의 날, 윌로우와 레지엘은 에로라의 처형이 행해질 바브몰다의 의식탑에 잠입한다. 불꽃튀는 바브몰다의 위세에 레지엘과 윌로우는 일순 무력해지는데....