TV판 <창궁의 파프너>로 부터 1년 후, 타츠미야섬은 인류와 페스툼 양측으로부터 노림받는 상황이 된다. 타츠미야섬은 결국 섬의 일부를 이탈시켜 이동하는 'L계획'의 실행을 결정한다. 섬의 마사오카 류는 아직 섬의 진실을 모르는 소꿉친구 이코마 유미에게 진실을 밝히지 않은 채, 자신만 계획에 참가하려고 한다. 하지만 계획 입안자인 유미의 아버지 마사유키가 급사, 갑자기 들려온 아버지의 목소리에 이끌린 유미는 결국 L계획에 관해 알게되고 아버지의 유지를 이어 계획에 참가하기로 결심한다. 류와 유미를 비롯, 이전의 아이들까지 퍼함한 8명은 새로운 파프너 '티탄 모델'의 파일럿이 되어 새로운 싸움에 몸을 던진다.
