'해양어업 KK'의 어군조사기의 파일럿 츠키오카는 불시착한 동료 코바야시의 구조를 위해 이와토섬으로 향한다. 그리고 그곳에서 고질라와 또 다른 괴수가 격렬히 싸우는 광경을 목격한다. 괴수들은 격렬한 싸움 끝에 바다에 떨어져 츠키오카와 코바야시는 겨우 목숨을 구한다. 몇일 후, 오사카 경시청에서는 고생물학자 야마네 쿄헤이 박사와 타도코로 박사를 도쿄로부터 초빙해 긴급 회담을 연다. 츠키오카와 코바야시의 증언을 토대로 한 결과, 고질라와 싸웠던 새로운 괴수는 고질라와 동시대에 생존했던 흉폭한 육식공룡 '안킬로사우르스', 이름붙여 '안기라스' 였다는 것을 판명된다. 고질라와 마찬가지로 수폭실험에 의해 깨어난 것이다. 야마네 박사는 고질라가 또다시 도쿄를 습격한다는 사실을 알아내지만, 고질라를 막을 유일한 방법인 '옥시전 디스트로이어'가 세리자와 박사의 죽음 덕분에 사용할 수 없다는 사실을 공표한다. 결국 고질라가 증오하는 빛을 억제하는 방법으로 고질라가 지나가게 하려고 했으나, 고질라는 예상을 뒤엎고 오오사카에 상륙하고, 고질라를 쫓던 안기라스마저 오오사카에 상륙한다.
