서기 2035년 미래의 인류는 바이러스 감염으로 인해 99%가 멸망하고 소수의 생손자들은 지상에서의 생활을 포기한 채 지하 세계에서 생활하게 된다. 감옥에 수감되어 있는 제임스 콜(James Cole: 브루스 윌리스 분)은 과학자들의 사면 제의를 받고 바이러스가 퍼지게 된 1996년으로 보내진다. 그러나 착오로 인해 1990년으로 보내지고 그곳에서 정신 병원에 수감된다. 그는 곧 인류가 바이러스에 의해 멸망할 것이라고 설득하지만 아무도 그의 말을 믿으려 하지 않는데, 그의 담당의사인 캐서린 레일리(Dr. Kathryn Railly: 매들린 스토우 분) 박사는 그를 치료하면서 어디서 본 것 같은 느낌을 갖는다. 그리고 제임스와 같은 병동에 수감되어 있는 제프리 고인즈(Jeffrey Goines: 브래드 피트 분)는 부친이 대단히 유명한 바이러스 연구학자로 연락이 닿으면 언제든지 나갈 수 있다고 큰소리 치는데...
