사토시와 피카츄 일행은 하도의 전설이 내려오는 '로타'라는 마을에 도착한다. 마을에서는 축제가 열리고, 그 해의 용사를 결정하는 포켓몬 배틀에 참가한 사토시와 피카츄가 '파동의 용사'로 뽑힌다. 그때 갑자기 환상의 포켓몬 뮤가 나타나 피카츄를 데리고 사라지고, 수백년 전의 봉인에서 풀려난 하도의 포켓몬 루카리오가 모습을 드러낸다.