국가 지능 연구소인 'N.I.M.H'의 실험으로 농장의 쥐들은 평범한 쥐에서 지능이 있는 쥐로 변했다. 그래서 쥐 의회는 농장을 떠나 다른 곳으로의 대대적인 이주를 계획한다. 그러던 어느 날, 브리스비 부인은 막내 아들이 병에 걸려 이주 날짜에 움직이지 못하게 되자, 아들을 살려내기 위해 온갖 모험을 해 결국 니코데무스에게까지 가게 된다. 니코데무스는 쥐 의회의 지도자로 브리스비 부인의 남편인 조나단과는 각별한 사이였다. 니코데무스는 조나단에게 진 빚을 갚기 위해 그 부인을 도와주기로 하는데... 한편 권력에 눈이 먼 제너는 어떻게든 니코데무스를 없애고 자신이 그 자리에 오르려 한다. 하지만 진정한 용기를 지닌 브리스비 부인과 신비한 목걸이의 힘으로 브리스비 가족과 쥐 의회는 평화를 얻게 된다.
