빅톨 기에르와의 결전으로 부터 1년 후, 해외연수를 마치고 일본에 돌아온 히카루를 맞이하는 사쿠야. 사쿠야는 토모야에 의해 재생한 마나를 영입한 신생 UPG에 입대해 있었다. 하지만 평화로운 시간은 길지 않았다. 갑자기 상공에서 시공성이 출현해 그곳에서 '모든 울트라 전사를 봉인한다'고 호언장담하는 초시공마신 에타르가와 여전사 아레나가 등장한다. 긴가와 빅토리, UPG가 그들에게 대항하지만 속수무책으로 당하고 만다. 그때 다른 우주로부터 온 청년 하루노 무사시와 울트라맨 제로가 나타난다. 제로는 에타르가를 쓰러뜨리기 위해 히카루와 쇼우에게 특훈을 강행한다. UPG도 봉인된 울트라맨들을 해방하기 위해 무사시와 함께 시공성에 돌입한다.