허리케인저와 고우라이저가 자칸자를 물리친 뒤 10년 후. 허리케인 블루 노노 나나미와 허리케인 옐로우 비토 코타는 우주통일 닌자류의 닌자로써 세계의 평화를 지켜가고 있었다. 하지만 어느날 우주통일 닌자류의 설비가 의문의 닌자로부터 파괴되는 사건이 발생한다. 조사에 나선 두 사람의 앞에 검게 물든 허리케인 레드 '허리케인 다크'였다. "10년 전의 싸움은 잘못되었다."라고 말하는 허리케인 다크, 시나 요스케. 그와 손을 잡은 자칸자의 잔당 배트 제 룬바의 노림수는 과연?