독일의 작은 산악마을 에쉬버그, 엘리아스(Elias Alder: 안드레 아이저만 분)는 태어나는 순간 자연의 소리를 듣고 느낄 수 있는 영묘한 재능을 타고 난다. 성장하면서 음악과 오르간 연주 이외에는 아무 것에도 관심을 갖지 않는 그를 마을 사람들은 이상하게 여기지만 엘리아스의 나이 또래인 피터(Peter: 벤 베커 분)는 엘리아스에게 각별한 관심을 갖는다. 엘리아스의 유일한 즐거움은 피터와 함께 성당으로 몰래 들어가 비밀스럽게 오르간을 연주하는 것이다. 엘리아스는 한 번도 오르간 연주법을 배워본 적이 없으며 악보 보는 법 또한 배운 적이 없다. 음악 선생님인 오스카(Oskar: 파울루스 만커 분)는 엘리아스의 뛰어난 재능을 질투하며 그를 희생양으로 삼아 무자비하게 채찍질을 가한다.
그러던 중, 엘리아스가 성당의 낡은 오르간을 복구하여 첫 연주를 시도하던 날, 음악 선생님은 엘리아스의 천재적 재능에 비해 자신의 연주가 얼마나 초라한가를 깨닫곤 목을 매달아 자살해 버린다. 엘리아스는 이제 죽은 음악 선생님을 대신하여 교회의 오르간 연주자가 된다. 한편, 피터의 여동생인 엘스베쓰가 태어나는 날, 엘리아스는 그녀가 바로 자신에게 주어진 연인임을 느끼게 된다. 매력적으로 자라난 엘스베쓰(Elsbeth: 다나 바브로바 분), 둘은 강한 사랑의 감정을 느끼지만 엘리아스는 성적 호기심보다는 정신적인 사랑을 공유하길 원한다. 둘 사이를 지켜보던 피터의 우정은 점차 엘리아스를 뺏긴다는 질투심으로 변해간다.
엘리아스의 오르가니스트로서의 첫 연주는 그야말로 성공을 거둔다. 마을 사람들은 엘리아스의 음악에 매료된다. 심장의 박동이 점차 빨라지며 엘리아스는 고통이 몰아치는 감정의 변이를 일으키며 연주를 멈추게 된다. 그순간 엘스베쓰는 오르간 연주에만 몰두하는 엘리아스의 애정을 의심하며 약혼자인 루카스(Lukas: 데츨레프 보떼 분)에게 몸을 허락한다. 엘리아스는 심장의 두근거림을 느끼면 정사 장면을 목격하게 된다. 순식간에 상처를 입게 된 엘리아스는 자신에게 주어진 고통으로 방황하며 가혹하게 신을 비난하는데...
