샌드로스가 쓰러지고난 뒤 3년후인 2015년. 무사시는 우주개발 센터의 대형우주운송 로켓인 '코스모 노아'의 파일럿이 되어 지구의 괴물들을 탑재하고 우주로 나가게 되었다. 무사시의 배웅을 온 후부키와 함께 대화를 나누던 중, 쥬리와 만나게 되고 쥬리는 어째서 코스모스와 동화했는지를 묻는다. 그때 TEAM EYES의 기지로부터 의문의 메시지가 도착, 그와 동시에 우주에서 비행물체가 날아와 그 안에서 그로커폰이 뛰쳐나온다. 이를 막기 위해 코스모스가 되어 뛰쳐나간 무사시, 그 앞에 울트라맨 저스티스가 나타나 코스모스를 공격하기 시작한다. 한때 동료였던 저스티스를 상처입히지 못하고 머뭇거리던 차, 그로커폰의 공격을 받아 소멸해버리고 만다. 그 시각 데라시온은 지구의 모든 생명체를 리셋 하기로 결정한다. 우주의 정의를 따르는 저스티스와 지구를 사랑하는 코스모스의 대결이 시작된다.