고교생 탐정 쿠도 신이치는 반 친구들과 수학여행을 가게 된다. 전날 '수학여행 중, 반 친구 중 누군가를 유괴하겠다. 힌트는 배 위'라는 도전장을 받은 신이치. 유람선을 타고 가던 도중, 뱃멀미로 휴게실에서 쉬고 있던 스즈키 소노코가 사라지고, 경찰의 수사 도중 두 번째 범행 예고를 받게 되는데… 신이치는 친구들을 유괴범에게서 지킬 수 있을까?
