{사악한 인간을 조심하라. 인간은 악의 볼모다. 탐욕에 눈이 멀어 유희로 신의 창조물을 죽이나니. 땅을 차지하기 위해 형제를 살해하도다. 그러니 번식하게 하지 말라. 자신의 집을 파괴할 것이다. 그를 피해 정글에 가둬라. 그는 죽음의 사자다. (1편 마지막 장면의 원숭이 '성경' 구절에서)}
테일러(찰톤 헤스톤 분)가 원숭이 무리들에게 쫓기던 중 사라지게되자 친구 브렌트(제임스 프란시스커스 분)는 테일러의 여자 친구 노바(린다 해리슨 분)와 함께 테일러를 찾아 나선다. 테일러를 찾아 며칠을 헤매던 브렌트는 미국의 과거 모습을(브렌트한테는 현재) 나타내주는 극장간판들이 잿더미 속에 뒤 덮혀 있는 지하로 들어가게 되고 우연하게도 그곳이 핵폭탄을 숭배하는 돌연변이 인간들의 지하도시라는 것을 발견하게 된다.
얼굴이 모두 일그러진 돌연변이 인간들은 핵폭탄이야 말로 원숭이 무리들을 제거해줄 유일한 도구임을 믿고 신격화하고 있는 것! 바로 그곳에는 사라졌던 테일러가 감금되어 있었고 기회를 엿보던 브렌트는 테일러와 함께 탈출을 시도한다. 그런데 마침 돌연변이 인간들의 아지트를 물색 중이던 원숭이 무리들이 이곳으로 침입해온다. 탈출 도중 원숭이들과 부딪히게 된 테일러와 브렌트는 절대절명의 위기를 맞이하게 된다.
