어릴적부터 삼촌 내외와 살고 있는 피터 파커(앤드류 가필드)는 여느 고등학생처럼 평범한 학교 생활을 하며 일상을 보내고, 같은 학교 학생 그웬 스테이시(엠마 스톤)와 첫사랑에 빠져 우정과 사랑, 그리고 둘 만의 비밀을 키워나간다. 그러던 어느 날 아버지가 사용했던 비밀스러운 가방을 발견하고 부모님의 실종사건에 대한 의심을 품게 된 그는 그 동안 숨겨져 왔던 과거의 비밀을 추적하게 된다. 아버지의 옛 동료 코너스 박사(리스 이판)의 실험실을 찾아가게 된 피터는 우연한 사고로 특별한 능력을 갖게 되고, 뜻밖의 피터의 도움으로 연구를 완성한 코너스 박사는 자신의 숨겨진 자아인 악당 ‘리자드’를 탄생시킨다. 세상을 위협하는 세력앞에 피터는 그의 인생을 통째로 바꾸어 버릴 선택, ‘스파이더맨’이 되기로 결심하는데…