D28일...6시간...42분...12초 후... 세상은 거대한 미궁에 빠진다...
암울하고 삐딱한 고교생 도니 다코(제이크 길렌할)는 가족과도 잘 어울리지 못하고, 자기만의 세계에 빠져있는 소년이다. 어느 날 밤, 그는 이상한 목소리를 따라 집 밖으로 나가게 되고, 그 곳에서 6피트 키의 소름끼치는 토끼괴물, 프랭크를 만난다. 그는 도니에게 28일 6시간 42분 12초 후 세상의 끝이 찾아온다고 말하고 사라진다. 다음날 낯선 곳에서 잠을 깬 도니는 자신의 팔에 선명하게 쓰여진 '28064212'라는 숫자를 발견하고, 전날 밤 자신의 방에 출처 불명의 747 비행기 엔진이 추락하는 사고가 있었음을 알게 된다.
점점 다가오는 운명의 시간...어둠을 두려워하라!
그 날 이후, 도니의 주변에는 기괴한 사건이 연달아 일어나고, 학교 친구들은 그런 도니를 이상한 존재로 여긴다. 그러던 어느 날 당돌한 소녀 그레첸이 전학 오면서 도니의 학창생활에 빛이 비치기 시작한다. 그러나 운명의 날이 다가올수록 프랭크는 점점 더 자주 도니에게 나타나 그를 혼란시키고, 학교와 마을은 심각한 공황상태에 빠지게 된다. 어느 순간 도니는 자신의 주위에 일어나는 이 모든 일이 우연이 아님을 깨닫게 되고...