우주전함 야마토 2

서기 2201년. 멸망의 위기에서 벗어난 인류는 그 세력권을 태양계 전체로 넓혀갈 정도로 발전하게되었다. 인류를 구하는 큰 역할을 수행한 야마토는 태양계 외주함대 기함으로써 변경 경비의 임무를 막 끝내고 지구에 귀환 하려는 참이었다. 그때 정체불명의 항공부대가 야마토를 기습하고, 그와 동시에 강력한 에너지가 지구권에 방출되어 야마토를 포함한 모든 고성능 컴퓨터들이 쇼트되어버리는 사건이 발생한다. 지구에 귀환한 고다이와 사나다가 에너지의 해석을 해본 결과, 이는 우주 저편에서 날아온 구조 메시지라는 것이 밝혀진다. 같은 시기, 지구를 향해 돌진하는 거대한 백색왜성의 존재도 확인된다. 수수께끼의 적, 구조 메시지, 백색왜성까지. 한번에 일어난 3개의 사건이 모두 연관성이 있다고 여긴 고다이는 지구방위군 상층부에 이 사실을 보고하는데...