서기2000년, 남극에 거대한 운석이 추락... 미증유의 재난 '세컨드 임팩트'가 일어난다. 해수면의 상승, 천재지변, 경제붕괴, 민족분쟁, 내란... 이로 인해 세계 인구는 반으로 격감된다. 그 사이에 위치를 알 수 없는 어는 한 곳에서는 생체병기를 만들기 위한 E계획이 한창 진행되고 있는데.. 그리고 지금 2015년, 지구가 겨우 회복의 기미를 보이기 시작할 무렵 인류에겐 또 다른 위기가 닥쳐온다. 그것은 바로 사도... 하나씩 모습을 드러내는 정체불명의 거대전투병기군단, 그들은 진정 신의 사자인가. 예언되었던 사도의 출현에 대항하기 위하여 인류는 E계획에 의해 탄생한 생체 전투병기 '에반게리온'을 개발하고 3대의 0호기, 에바 초호기, 에바2호기를 개시한다. 그리고 에바를 조종할 파일럿으로 신지, 레이, 에레나가 '3명의 CHILDREN'으로 선발된다. 인류가 3명에게 미래의 희망을 걸었다. 그 작은 어깨에 인류의 존망이라는 무거운 운명을 짊어진 소년들의 전투가 시작되는데...