과거 분열된 또 하나의 우주에 존재하는 괴물들이 지금의 우주를 제거하려고 침략해 온다. 신화우주로부터의 침략에 대비해 온 우주 보전 기구는 에노시마의 지하 동굴에서 고대 문명의 힘이 깃든 비행체를 발견하게 되고, 이것이 이들을 막기 위한 유일한 최종 병기 아쿠에리온이라는 걸 알게 된다. 전설의 병기 아쿠에리온을 조종하기 위해 3명의 파일럿이 선출되고 이들은 각자 마음의 결핍을 가지고 있는데...
